稍后于马王堆汉墓年代的《淮南子》记载了“六禽戏”、“闭四关”与“梳发功”。有一段讲练功的话说：“若吹呴呼吸，吐故纳新，熊经鸟伸，凫浴暖矍，鸱视虎顾，是养形之人也。”被后人称为“六禽戏”。此外，书中还多处提及古代气功资料。
与刘安同时代的董仲舒，著有《春秋繁露》一书，内中提出了主静的养生观。他融合了医儒两家思想，认为“形静志虚”才能保证新陈代谢，这些静功理论在后世气功发展中具有很大影响。
此外，司马迁在《史记》中记载了不少有关气功锻炼的事迹。如《留候世家》记述张良曾以赤松子游，“乃学辟谷导引轻身”。尤其在《龟蛇列传》中记述了当时人们对于龟的某些生理特性的认识，为仿生气功的形成奠定了理论基础。
至东汉中晚期，神仙方术的兴盛使内修炼丹术得到空前发展，推动了气功学的成长，此时诞生的《周易参同契》是我国现存最早的，也是世界目前所见最早的炼丹术专著，同时又是气功史上最早的内丹气功文献。值得注意的是：该书第一次把时间、方位和人体内环境变化的节律(人体生物钟)有机地结合起来，从而建立了一套独具特色的内丹气功体系。(参同契)的问世，在气功史上有着划时代的意义，它总结了东汉前的内丹气功，并形成了以其为代表的内丹气功体系，从而开创了内丹派气功。
东汉末年托名于吉所得的《太平经》是我国现存最早的道教经典。它记载了道教的修炼诸法，其中属于气功范畴的有食气、守一、存思三大类。为搞清早期道教在东汉气功学上所起的历史作用提供了文献资料。此间，佛教在我国也逐渐兴起，释家的止观法、坐禅参禅等静坐功夫对当时气功的成长也起到一定影响。
东汉末年的两位大医学家张仲景、华佗都对气功作出了卓越贡献。张仲景在《金匮要略》中记述：“四肢才觉重滞，即导引吐纳，针灸膏摩，勿令九窍闭塞”。指出导引吐纳能流畅气血，通利九窍，有防治疾病的作用。华佗则根据“流水不腐，户枢不蠹”的道理，在《淮南子》6个动物作基础上整理出“五禽戏”，对后世的动功功法影响很大。
(四)气功养生学的进步期—两晋南北朝时期(公元265年～581年)
气功学发展到两晋南北朝时期，有了较大的进步。首先，在东汉内丹、存思两派气功的基础上，出现了以《黄庭经》为代表的内景派气功。黄庭内功，通过意守黄庭，配合口鼻呼吸和丹田呼吸，以及漱津咽液等术式，达到固肾筑基的初级功夫；进一步通过对中、上黄庭的修炼，使身中精气充实，心神内守，从而达到恬淡虚无，物我如一的高级炼功境界。
嵇康承老庄之学，著有《养生论》与《答难养生论》，论述养生服食之事，把呼吸引视为延年益寿的一项重要措施。
晋人张湛《养生要集》，列养生大要十项，前四项同气功之间有着直接关系，可见该书的编集是相当重视和突出气功锻炼的。仅从叙述该部分的现存佚文来看，所引气功专著六部，气功功法十数家，说明该书是东晋以前气功养生法的集锦之作。
晋代葛洪是一个医学家，但也提倡神仙导引，所著《抱朴子》一书重视金丹大药，在导引行气方面偏重于行气法，论述亦很多。他认为“行气有数法焉，……其大要者，胎息而已”。书中具体地阐述了胎息的方法，练功时间和注意事项，并指出行气具有医疗、预防、保健等多方面的功用。
南北朝时的陶弘景辑录了六朝以前的养生经验，著成《养性延命录》，记载了不少古代气功的方法与理论。内中《服气疗病》和《导引按摩》两部分竟占全书之半。有些内容与目前应用的静功功法极为相似。如在《服气疗病》中记述：“纳气有一，吐气有六。纳气一者，谓吸也；吐气六者，谓吹、呼、唏、呵、嘘、呬，皆出气也。……吹以去风，呼以去热，唏以去烦，呵以下气，嘘以散滞，以解极……”。说明当时已开始应用六字诀的默念呼吸的练功方法来治病了。在此之前，呼吸锻炼都是练吸为主，而以练呼为主的“六字诀”乃是陶氏所创。
另外，南北朝时期，不少医家和学者对形气神等气功基本理论和气功方法进行了深入地探索和亲身实践体验。其中褚澄、刘勰和范缜等人尤为突出。褚澄著《褚氏遗书》，内中《本气篇》专论人身内气的循行；刘勰的《文心雕龙》中有《养气》篇阐述神思的迟钝在于精气的内消，指出应用一种养气法以保持良好的创作精神；范缜著有《神灭论》，透彻地论证了形体和精神的关系，充实了气功理论形神学说。
在这一时期，古印度高僧菩提达摩到中国后，开创了佛教禅宗，提出了新的禅定方法，对当时的静功意念锻炼颇有影响。
(五)气功养生学的兴盛期—隋唐时期(公元581年～960年)
萌芽于战国时代的导引专科，经过秦、汉六朝近8个世纪的发展，至隋唐时期在医学中的地位日益显著，形成了具有一定规模的医学专科。这一时期的三大医籍《诸病源候论》、《备急千金要方》、《外台秘要》中，都有关于古代气功的详细记载。当时的太医署中，设有导引按摩科，这是我国气功史上最早的临床、教学机构。由于气功导引在隋唐官方医学中占有突出地位，所以对气功医学的发展产生了巨大推动作用，促使涌现出一大批气功人才和专著。
由巢元方主持编写的《诸病源候论》是我国第一部病因证候学著作，同时又是我国第一部气功医学著作。载列证候1720条，叙述了各种疾病的原因、病理、证候等。值得注意的是，该书在诸证后面不载方药，而多附有具体的养生方导引法。这部分内容曾先后为清末廖平和近代曹炳章辑录为《巢氏病源补养宣导法》。内中汇集了养生方宣导法近400条。除小儿病外，其他各科疾病几乎都运用了导引法。这些宣导法包括了多种内容。以姿势来说有仰卧、侧卧、端坐、跪坐、踞坐、舒足坐等；以呼吸来说有练呼的、练吸的，有的还规定呼吸次数等；以练意来说，有内视丹田、存思五脏、存念、引气等；以动来说，有伸展手臂，有屈伸足部，有前屈，有旋转，有头部活动等。
