子午流注学说是根据“天人相应”（人与自然相应）的理论，在“五运六气”学说基础上发展起来的一种根据人体经脉气血流注盛衰开合的时间节律，配合阴阳、五行、天干、地支等进行按时论治的医疗方法，一般多用于针灸取穴。因其符合“生物钟”节律物征，所以对气功选择练功时间等，具有重要的指导意义。
一、子午流注的基本概念
从在自然界中，是一个适应周围环境的完整有机体，外界气候对人体气血的流注有着不同程度的影响。因此，对疾病的防治，就必须观察日月星辰、四时八节的时序。所以《素问·八正神明论》说：“先知日之寒温，月之虚盛，以候气之浮沉，而调之于身。”
古人发现，人体内的气血周流，象潮水一样有着涨退节奏，从子到午，从午到子，随着时间先后的不同，表现出周期性的盛衰开合，开时气血就盛，合时气血就衰。这个发现说明，在人体内部，存在着近似昼夜节奏的“生物钟”规律。在这种思想指导下，建立了子午流注学说。子午，指时间而言，子为夜半（23—1点），午为日中（11~13点），子午是一天中阴阳的起点与分界线，含有阳极生阴，阴极生阳的意义。流注，流指流动；注指注输。它是讲人体气血的循环运行，随着时间先后不同，阴阳各经脉有着不同的盛衰变化。
子午流注认为十二经脉气血流注的时间规律是：
子时（夜间11~1时）气脉流行胆经
丑时（夜间1~3时）气脉流行肝经
寅时（晨前3~5时）气脉流行肺经
卯时（早上5~7时）气脉流行大肠经
辰时（上午7~9时）气脉流行胃经
已时（上午9~11时）气脉流行脾经
午时（中午11~下午1时）气脉流行心经
未进（下午1~3时）气脉流行小肠经
申时（下午3~5时）气脉流行膀胱经
酉时（下午5~7时）气脉流行肾经
戌时（夜间7~9时）气脉流行心包经
亥时（夜间9~11时）气脉流行三焦经
二、子午流注在气功中的应用
在什么时间练功最好？这是气功师很讲究的问题。有些功法明确规定出练功时间，显然该时是收效最佳的练功时辰。功法中确定练功时间的因素是多辩证面的，除无数练功家的经验积累外，多数是以儒、释、道、医等理论作为选时依据的。其中，子午流注学说占有很重要的位置。子午流注是指气血流注于经络的时间规律。根据每天的时间变化可以测知某一经络气血盛衰情况，据此有针对性地选择练功时间练功，可以收到更好的所功效应。人体每日气血流注的时间是从寅时开始的，此时肺经气血最旺，而卯时是大肠经气血旺时，肺与大肠相表里，经脉之气互通，因此肺经有病可在晨间3~7时练功，但以3~5时（寅时）更好，可收事半功倍的疗效。古今善于练功者都主张在子、午、卯、酉四时练功能够外采精华，内练精气。子时一阳生，正是命门先天之气生发之时，抓住个有利进机练功，便能发挥“肇基化元”的功效。卯时日出，人身阳气长势已在，此时练功，能助阳气成长。午时阳气亢盛，是阳极生阴之时，其时练功可助元阴之气生成而收敛亢阳。酉时日入，阳消阴长，其时练功可助元阴之气充盛，有利于阳气藏养。可见，子、午、卯、酉练功，是遵循了自然之气“生、长、收、藏”的气化规律，因而能推动和调整人体生物节律正常动转，促进人体真气生长健旺。
虽然子午流注非常合乎人体生物钟节律，但选择练功时间，要结合各种实际情况而定，不能按图索骥，死搬硬套。因为人有男女胖瘦之别，病有寒热虚实之异；地有东西南北之差，天有春夏秋冬之分，所以选择何时练功，有一个灵活掌握问题，也是古人所以提倡“活子时”的道所在。
